La réflexion sur la nature et la formalisation des données et des connaissances est cruciale pour la conception et les développements méthodologiques.

Ainsi nous avons déjà mené des travaux sur :
* la formalisation des caractères tant pour la phylogénie que l’identification
* la représentation des données « primaires » au travers de l’informatisation des données de collection (collections de Paléobotanique, de Biologie animale, modèles et formats d’échange internationaux utilisés par le GBIF)
* la formalisation de pratiques de la taxonomie (au niveau de la nomenclature, de la description taxonomique, de l’identification)