Nous menons une recherche méthodologique en classification sensu lato (classification phylogénétique, discrimination, identification) ayant abouti à la réalisation et à la distribution de logiciels originaux (2 dépôts logiciels : Nelson05 pour l’analyse à trois éléments (3ia) et Xper2 pour la représentation des descriptions taxonomiques et l’identification).

Grâce à ces logiciels, de nouvelles propositions méthodologiques peuvent être mises en œuvre, validées et utilisées au sein et à l’extérieur de l’UMR. Cette recherche rentre dans le domaine scientifique identifié actuellement sous le nouveau nom de « Biodiversity Informatics ».

Ainsi, cette thématique s'articule autour de trois grands thèmes:

• La corroboration entre cladogramme et registre fossile dans la dimension stratigraphique:
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  Qu'est-ce que la paralogie temporelle?
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• La structure des cladogrammes:
  Comment traiter les homoplasies?
  Comment traiter les données manquantes?
• L'analyse à trois taxons (3ia):
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