Xper2 - Installation FAQ



Avant de commencer

Qu'est-ce que le logiciel Xper² ?

Xper² est un outil de gestion de bases de connaissances permettant à la fois la création, l'édition (ajout, modification, suppression) de connaissances descriptives, et leur utilisation dans le but de faire de l'identification ou du diagnostic assisté par ordinateur. Les domaines d'application d'un tel logiciel sont multiples. Xper² est pour l'instant principalement utilisé dans les sciences du vivant : botanique, entomologie, ...

Quelle est la configuration nécessaire pour utiliser Xper² ?

Minimal Recommandé
Processeur 500 MHz > 1 GHz
Mémoire (RAM) 256 Mo > 1 Go
Espace libre 20 Mo 100 Mo
Connexion Internet  modem 56K ADSL
JRE 1.5 1.6

Xper² est développé en Java, et nécessite donc la présence d'une machine virtuelle Java pour fonctionner. (cf.Comment vérifier la présence d'une machine virtuelle Java sur mon ordinateur ?)

Où puis-je trouver le logiciel Xper² ?

Le logiciel Xper² est librement téléchargeable sur le site du Laboratoire d'Informatique et Systématique à l'adresse suivante:
http://www.infosyslab.fr/lis/?q=ressources/logiciels/iao/xper2/telechargements/derversion

Vous y trouverez deux versions:
- Xper²: la version complète
- Xper²-Identification: le module d'Identification Assistée par Ordinateur uniquement

Xper² est disponible pour les systèmes d'exploitation suivants : Windows XP/Vista/7, Linux, et Mac OS X.

Qui développe le logiciel Xper² ?

Le logiciel Xper² est développé par le Laboratoire d'Informatique et Systématique (LIS). Xper² est une adaptation Java du logiciel XPER développé par Jacques LEBBE et Régine VIGNES dans les années 1980.

L'équipe Xper² actuelle:
- Florian Causse (florian.causse@upmc.fr): développeur
- Régine VIGNES-LEBBE (regine.vignes_lebbe@upmc.fr): coordinateur
- Visotheary Rivière-Ung (visotheary.riviere_ung@upmc.fr): chargée de communication

Quelles sont les conditions d'utilisation du logiciel Xper² ?

Xper² est un logiciel gratuit sous licence Creative commons. Cela signifie que vous pouvez utiliser le logiciel Xper2, mais pas le modifier, reproduire ou distribuer sans en demander l'aval auprès de ses créateurs. Pour plus d'informations, vous pouvez consulter le site officiel creativecommons.org.


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Windows

Comment installer Xper² sous Windows ?

Double-cliquez sur l'exécutable « Xper²_setup.exe » qui lancera automatiquement le processus d'installation. Laissez vous guider par les instructions. Par défaut le programme Xper² sera installé dans le répertoire « C:\Program Files\Xper²\ ». Si vous possédez la version de Xper² avec Java, l'installation de Java se lancera automatiquement à la suite de celle de Xper².

Comment désinstaller Xper² sous Windows ?

Double-cliquez sur l'exécutable « Xper²_uninstall.exe » qui lancera automatiquement le processus de désinstallation. Vous trouverez ce raccourci dans le menu « Démarrer \ Xper² », ou bien dans le « Panneau de configuration \ Ajout-Suppression de programmes » de Windows.

Comment lancer Xper² sous Windows ?

Double-cliquez sur le raccourci « Xper² » présent :
- Soit sur le bureau,
- Soit dans la barre d'action rapide,
- Soit dans le menu « Démarrer \ Xper² »
- Soit directement dans le répertoire d'installation du logiciel

Comment ouvrir une invite de commandes MS-DOS ?

Vous avez deux possibilités :
- Soit vous tapez la commande « cmd » dans la fenêtre « Exécuter une commande... » du menu « Démarrer »
- Soit vous cliquez sur « Commandes MS-DOS » dans le menu « Démarrer \ Accessoires »


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Linux

Comment installer Xper² sous Linux ?

Une fois l'archive « jar » téléchargée, copiez la dans le répertoire de votre choix.

Comment désinstaller Xper² sous Linux ?

Il n'y a pas de désintallation automatique sous Linux. Il suffit de supprimer le répertoire Xper², à l'aide de la commande « rm -rf Xper² » par exemple. Faites attention à ne pas supprimer vos bases de connaissances !

Comment lancer Xper² sous Linux ?

Pour lancer Xper², il suffit de lancer la commande « java −jar xper2−Editor−2.x.x.jar » à l'emplacement dudit fichier.


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MacOS

Comment installer Xper² sous Mac OS ?

Une fois l'archive « zip » téléchargée et décompressée, placez le dossier « Xper² » dans le répertoire de votre choix.

Comment désinstaller Xper² sous Mac OS ?

Il n'y a pas de désintallation automatique sous Mac OS. Il suffit de supprimer entièrement le répertoire Xper² : - Dans une console tapez la commande « rm -rf Xper² » par exemple. - A partir d'un clic droit sur le dossier « Placer dans la corbeille » Faites attention de ne pas supprimer vos bases de connaissances !

Comment lancer Xper² sous Mac OS ?

Pour lancer le logiciel Xper², cliquez sur l'application « Xper² » ou tapez la commande « Xper² » en mode console.


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Dépannage global

Où trouver une JRE ?

Vous pouvez la trouver en libre téléchargement sur le site offciel de Java java.sun ou bien en français sur le site java.com/fr.
Sélectionnez la section J2SE 6.0, puis le fichier JRE 6.0. Choisissez ensuite votre plateforme et validez les termes de la licence.

Pour Windows, une autre possibilité est de télécharger le logiciel Xper² avec l'installation de Java intégrée.

Quelle est la version de la JRE requise pour Xper² ?

La machine virtuelle Java (JRE) doit être la 1.5 (5.0) ou version supérieur.

Comment vérifier la présence d'une JRE sur mon ordinateur ?

Sous Windows, ouvrez une invite de commandes MS-DOS (cf.Comment ouvrir une invite de commandes MS-DOS ?)
Sous Linux et Mac OS, ouvrez une console ou terminal.
Ensuite tapez la commande « java ». Si une JRE est installée sur votre ordinateur, vous aurez un message du type :

$java 
		Use:java [- options] class [args…]
		(to run a class)
		or java [- options] -jar jarfile [args…]
		(to run a jar file)
		

Sinon, vous aurez un message indiquant que la commande est introuvable ou incorrecte:

$java 
		bash: java:command not found 

Comment connaître la version de la JRE installée sur mon ordinateur ?

Sous Windows, ouvrez une invite de commandes MS-DOS (cf.Comment ouvrir une invite de commandes MS-DOS ?)
Sous Linux et Mac OS, ouvrez une console ou terminal.
Ensuite tapez la commande « java -version ». Si une JRE est installée sur votre ordinateur, vous aurez un message indiquant le numéro de version de la JRE utilisée :

$ java -version
java version “1.6.0_02” Java (TM) 2 Runtime Environment,
Standard Edition (build 1.6.0_02-b09) 
Java HotSpot (TM) Customer VM (build 1.6.0_02-b09, mixed mode, sharing)

Sinon, vous aurez un message indiquant que la commande est introuvable ou incorrecte :

$ java -version 
		bash: java: command not found 

Comment consulter la valeur de la variable d'environnement JAVA_HOME ?

Sous Windows, ouvrez une invite de commandes MS-DOS (cf.Comment ouvrir une invite de commandes MS-DOS ?)
Sous Linux et Mac OS, ouvrez une console ou terminal.
Ensuite tapez la commande « echo $JAVA_HOME » :

$echo $JAVA_HOME 
		/home/user_name/dev/jdk1.6.0_02 

Comment consulter la valeur de la variable d'environnement CLASSPATH ?

Sous Windows, ouvrez une invite de commandes MS-DOS (cf.Comment ouvrir une invite de commandes MS-DOS ?)
Sous Linux et Mac OS, ouvrez une console ou terminal.
Ensuite tapez la commande « echo $CLASSPATH » :

$ echo CLASSPATH /home/user_name/dev/jdk1.6.0_02/lib:. 

Que faire si rien ne s'ouvre quand je lance Xper² ?

Après avoir lancé le programme, il faut patienter quelques instants. Selon la configuration de votre ordinateur, le démarrage de Xper² peut être plus ou moins long. (cf.Quelle est la configuration minimale pour Xper² ?) Si rien ne s'affiche, retentez l'opération. D'autre part pensez à vérifier si le programme -ou le processus) Xper² est actif.

Que faire si un message d'erreur du type « Could not find a JDK... » apparaît au démarrage de Xper² ?

Ce message signifie qu'il n'y a aucune JRE compatible installée sur votre ordinateur.

Pour résoudre le problème, il y a quatre vérifications à faire :

  1. Assurez vous d'une part que votre machine possède bien une machine virtuelle Java (JRE).
    (cf.Comment vérifier la présence d'une JRE sur mon ordinateur ?)
  2. D'autre part assurez vous que la JRE installée soit compatible.
    (cf.Comment connaître la version de la JRE installée sur mon ordinateur ?)
  3. Vérifiez que la variable d'environnement JAVA_HOME existe et que la valeur associée correpond au chemin (PATH) vers le répertoire de Java 1.6.
    (cf.Comment consulter la valeur de la variable d'environnement JAVA_HOME ?)
  4. Vérifiez que la variable d'environnement CLASSPATH existe et que la valeur associée correpond au chemin (PATH) vers le répertoire « bin » de Java 1.6.
    (cf.Comment consulter la valeur de la variable d'environnement CLASSPATH ?)

Que faire si Xper² ne démarre toujours pas ?

Dans un premier temps assurez vous d'avoir correctement suivi les indications présentes dans cette FAQ. Si vous ne parvenez toujours pas à lancer Xper², contactez-nous et expliquez-nous votre problème. (cf.Que faire si je rencontre un bug ?)

Que faire si Xper² plante à la fermeture ?

A priori le problème vient de la machine virtuelle Java qui a planté, ou de l'exécutable Windows. Normalement le fait de redémarrer votre ordinateur et de relancer le programme Xper² suffit. Notez tout de même le message d'erreur que vous rencontrez et regardez si le bug est connu. (cf.Que faire si je rencontre un bug ?)

Que faire si je rencontre un bug ?

Rapportez nous le bug par email à l'adresse xper@listes.upmc.fr. Détaillez dans votre email au maximum le type et le contexte de l'erreur survenue, et surtout précisez votre environnement de travail (Windows, Linux, Mac). Dans l'idéal joignez à votre email une capture d'écran de l'erreur.


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Identification en ligne : créez votre Applet

Pour permettre l'utilisation du module identification en ligne, il vous suffit de recopier le code suivant dans un fichier html.
<html>
<head>
<title></title>
<head>
<body>
<applet codebase="." 
    code="fr_jussieu_snv_lis.XPIdApplet" 
    archive="http://lis-upmc.snv.jussieu.fr/lis/ressources/xper2/online/Xper2-Applet.jar,
    http://lis-upmc.snv.jussieu.fr/lis/ressources/xper2/online/xercesImpl.jar" 
    width="100%" 
    height="100%">

<param name="nbBase" value="1"/>
<param name="base1" value="http://myServer/myXPDfileName;title;xper2"/>
<param name="viewxperURL" value="http://lis.snv.jussieu.fr/cgi-bin/viewxper.cgi"/>

<param name="makeyURL" value="http://baron.snv.jussieu.fr/cgi-bin/david/HPS"/> 
Your browser is completely ignoring the APPLET tag!
</applet>
</body>
</html>

Le fichier 'Xper2-Applet.jar' correspond au module d''identification Xper² sous forme d'applet. Le fichier 'xercesImpl.jar' est une librairie capable de lire des fichiers xml.
Ils sont tous deux nécessaires pour ouvrir les bases Xper².

Le paramètre 'http://myServer/myXPDfileName' indique le chemin vers le fichier xpd de votre base de connaissance (pas besoin de mettre l'extension du fichier).

Le paramètre 'nbBase' indique le nombre de base à insérer dans l'applet. (1 au minimum)

Le paramètre 'baseX' (où X est le numéro de la base) précise les informations pour ouvrir la base. Le champ 'value' se décompose en tois parties séparées par des points virgules.
1)Chemin vers la base : le_répertoire_de_la_base/le_nom_du_fichier_de_la_base_sans_l'extension
2)Le titre de la base : ce que vous voulez
3)Le format de la base : xper OU xper2

Les paramètres suivants sont facultatifs :
'viewxperURL' sert à indiquer le chemin vers le script 'viewxper.cgi'.
'paramBase' indique le nom du paramètre BASE pour interroger le script 'viewxper.cgi'.
'paramTaxon' indique le nom du paramètre TAXON pour interroger le script 'viewxper.cgi'.
'makeyURL' indique le chemin vers le script maKey générant des clés d'identification.

Note : Pour utiliser ces scripts externes, la base doit être installée sur les serveurs où se trouvent les scripts en question.


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Glosaire


FAQ:
Frequently Asked Questions ou foire aux questions

GPL:
General Public License

IAO:
Identification Assisté par Ordinateur

JRE:
Java Runtime Environment ou machine virtuelle Java

LGPL:
General Lesser Public License

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