Comment nous citer : Zaragüeta-Bagils R., Ung V., Grand A., Vignes-Lebbe R., Cao N., Ducasse J, 2012 LisBeth : New cladistics for phylogenetics and biogeography. C.R Palevol 11(8):563-566..
LisBeth est un programme qui implémente une méthodologie trop peu connue en recherche cladistique: l’analyse à 3 éléments – 3ia – (Three Items Analysis). Cette méthodologie s’applique à la reconstruction phylogénétique et à la biogéographie.
L’approche 3ia a commencé avec les travaux de Gary Nelson, Norman Platnick et Pauline Ladiges (Nelson et Ladiges 1991 ; Nelson et Platnick 1991 ; Nelson et Ladiges 1992 ; Nelson et Ladiges 1996) dans les années 90.
Plus récemment, les travaux de David M. Williams et de Malte C. Ebach ont notamment permis de grandes avancées théoriques.
Peu de programmes informatiques ont été développés autour de la 3ia :
- le premier a été développé par G. Nelson et P. Ladiges (1992) et ne fonctionne que sur les systèmes Windows. Il convertit les matrices traditionnelles en une matrice transformée dont le format est analysable par les différents logiciels de parsimonie. Ce programme inclut également le logiciel TASS (Nelson and Ladiges 1996) qui implémente l’algorithme de suppression de la paralogie dans les arbres pour les études de biogéographie (paralogy-free subtree analysis).
- 3item, un programme développé en Java (Ebach, Newman et al. 2003) dédié à la biogéographie mais abandonné.