Xper2 – Utilisation FAQ

Présentation générale de Xper2

Comment se présente l’interface du logiciel Xper2 ?

Comment se présente les menus du logiciel Xper2 ?

La barre de menus de Xper2 se décompose en huit menus principaux :

« Fichier »

« Nouvelle base » : Permet de créer une nouvelle BDC

« Ouvrir une base » : Permet d’ouvrir une BDC existante

« Importer -> Format original XPER » : Permet d’importer une BDC au format XPER

« Exporter -> Format original XPER » : Permet d’exporter une BDC au format XPER

« Enregistrer » : Permet d’enregistrer la BDC

« Enregistrer sous… » : Permet d’enregistrer la BDC sous un autre nom

« Zipper la base » : Fait un export zippé de la BDC

« Fermer la base » : Ferme la BDC courante

« Quitter » : Ferme la BDC courante puis Xper2

« Edition »

« Edition des Descripteurs » : Affiche le module d’édition du système descriptif

« Edition des Items » : Affiche le module d’édition des connaissances

« Proprietés » : Affiche les propriétés concernant la BDC

« Identification »

« Identification » : Affiche le module d’IAO

« Outils »

« Contrôle de la base » : Vérifie l’intégrité des données de la BDC

« Mise à jour des vignettes » : Régénère l’ensemble des vignettes à partir des images original

« Publier»

Permet d’accéder aux options d’affichage des données de votre BDC

« option»

Permet d’accéder aux options du logiciel

« Fenetre»

Permet de mettre au premier plan une fenêtre du logiciel

« Aide »

Permet d’accéder aux informations sur le logiciel, au site web du LIS, ainsi qu’à la documentation utilisateur

Note : Au démarrage seuls les menus « Fichier », « Options »et « Aide » sont accessibles. Le menu « Edition » est présent seulement dans la version complète d’Xper2.

Comment créer une nouvelle Base De Connaissances (BDC) ?

Pour créer une nouvelle BDC, cliquez sur « Nouvelle base » dans le menu « Fichier ».
Une fenêtre vous invitera à saisir le nom de la BDC. Une fois saisi, vous serez automatiquement dirigé dans le module d’édition des Descripteurs. (cf. Edition des Descripteurs )

Note : La création d’une nouvelle BDC n’est possible que dans la version complète de Xper2 !

Comment ouvrir une BDC existante ?

Pour ouvir une BDC existante, cliquez sur « Ouvrir une base » dans le menu « Fichier ».
Vous serez alors invité à parcourir votre disque dur et à sélectionner la BDC au format « xpd ».

Est-ce possible d’ouvrir plusieurs BDC en même temps ?

Non, ce n’est pas possible ! Xper2 ne travaille qu’avec une seule instance de BDC à la fois.
Cela veut dire que vous ne pouvez ni ouvrir ni créer de BDC si il y en a déjà une ouverte.

Comment enregistrer une BDC ?

Si votre base est nouvelle, « Enregistrer » et « Enregistrer sous » ont la même action.
Vous serez invité à parcourir votre disque dur et à choisir un nom de fichier.
L’extension du fichier (xpd) est automatique, vous n’avez pas à vous en préoccuper.
Si votre base est une base déjà existante, « Enregistrer » sauvegarde la BDC sur le même fichier.
« Enregistrer sous » vous autorise à sauvegarder la BDC sous un autre nom de fichier.

Note : Si vous fermez la BDC ou le logiciel Xper2 sans avoir enregistrer, une fenêtre vous invitera à sauvegarder votre travail.

Quels sont les fichiers créés lors de la sauvegarde ?

Lors de la sauvegarde au format Xper2, 4 fichiers sont créés :

• « xpd » : système descriptif + liste des individus (format xml)
• « xpg » : les groupes de variables (format texte) – déprécié
• « xpr » : relations entre variables (format texte)
• « xpw » : pondération (format texte) – non utilisé
• « xpx » : matrice Items x Descripteurs (format texte)

Le répertoire « images » est créé s’il n’existe pas. Il est utilisé pour stocker les images correspondants aux illustrations de votre BDC.

Quels sont les fichiers créés lors de l’export au format XPER ?

Lors de l’export au format XPER, 8 fichiers sont créés :p>

• « xpi » : la liste des noms des individus (format texte)
• « xpg » : les groupes de variables (format texte)
• « xpm » : la liste des modalités (format texte)
• « xpp » : les paramètres de la base (format texte)
• « xpr » : les relations entre variables (format texte)
• « xpv » : la liste des variables (format texte)
• « xpw » : pondération (format texte)
• « xpx » : la matrice individus x variables (format texte)

Est-ce possible d’importer une base dans un autre format ?

Oui, Xper2 autorise plusieurs format d’import : XPER format, CSV (exemple ici), SDD.

Est-ce possible d’exporter ma base de connaissances dans un autre format ?

Xper2 autorise plusieurs format d’export : XPER format, CSV, SDD, Nexus, HTML.

Sous quelle forme échanger des BDC ?

Etant donné qu’une BDC se constitue de plusieurs fichiers (cf. Quels sont les fichiers créés lors de la sauvegarde ?) et de plusieurs images,
il est préférable de zipper le répertoire de la BDC pour obtenir un seul fichier. L’avantage d’une archive est de pouvoir être envoyer facilement par email là ou le nombre de fichier joint est limité. Par ailleurs le format zip fournit la compatibilité avec tous les systèmes d’exploitation.

Quelles sont les proprietés d’une BDC ?

Pour accéder aux informations d’une BDC, cliquez sur « Proprietés » dans le menu « Outils ».
Note : Les dates sont renseignées après la première sauvegarde de la BDC.

Comment éditer le nom d’une BDC ?

Ouvrez la fenêtre des « Proprietés » (cf. Quelles sont les proprietés d’une BDC ?), et éditez le champs « Titre ». Enregistrez les changements en cliquant sur le bouton « OK ».

Note : Les proprietés d’une BDC sont enregistrés lors de la sauvegarde de cette dernière depuis le menu « Fichier ».

Comment éditer la description d’une BDC ?

Ouvrez la fenêtre des « Proprietés » (cf. Quelles sont les proprietés d’une BDC ?), et éditez le champs « Description ». Enregistrez les changements en cliquant sur le bouton « Valider ».

Note : Les proprietés d’une BDC sont enregistrés lors de la sauvegarde de cette dernière depuis le menu « Fichier ».

Comment éditer les auteurs d’une BDC ?

Ouvrez la fenêtre des « Proprietés » (cf. Quelles sont les proprietés d’une BDC ?) , et éditer le champs « Auteurs ».
Pour ajouter un auteur, cliquez sur le bouton Note : Les proprietés d’une BDC sont enregistrés lors de la sauvegarde de cette dernière depuis le menu « Fichier ».

Quelle est la terminologie utilisée dans Xper2 ?

La terminologie utilisée dans Xper2 est axée sur les termes usités dans les sciences du vivant.
Il est évident que cette terminologie n’est pas adaptée à tous les domaines auxquels Xper2 est applicable.
Cette terminologie a également été changée par rapport à celle de XPER.
Voici le tableau des correspondances :

	XPER	Xper2
Concept	Individu	Item
Descripteur	Variable	Descripteur
Valeur	Modalité	Etat de caractère
Système descriptif	Variables + modalités	Descripteurs + états de caractères
Entité	Groupe	Groupe

Comment connaître la version de Xper2 ?

Ouvrez la fenêtre « A propos… » dans le menu « Aide ».
Dans la barre de titre de la fenêtre se trouve le nom du module (Xper2, Xper2-Identification)
ainsi que la version (2.2 par exemple).

Comment vérifier l’intégrité des données de la BDC ?

Dans le menu « Outils », sélectionnez « Contrôle de la base ».

Quelles sont les vérifications faites sur les données ?

Il y a trois niveaux de contrôle qui vous permettent de savoir si votre système descriptif est correctement formé (pas de descripteurs inutilisés, toujours utilisés,…), et si vos données sont correctement saisies (pas de doublons,…) :

1- Le contrôle des descripteurs: vérifie si les descripteurs sont tous décrits correctement.
Note : Les onglets Contrôle des États et Contrôle des Items ne sont accessible que si les anomalies détectée dans l’onglet Contrôle des descripteurs ont été corrigées.

Comment fonctionne le gestionnaire d’illustrations ?

Note : Il est impossible d’avoir deux images avec le même nom. La solution est de renommer les images avant de les intégrer dans la BDC.

Comment ouvrir le gestionnaire d’illustrations ?

Pour ouvrir le gestionnaire d’illustrations, cliquez sur le bouton

Comment ajouter une illustration ?

Pour ajouter une illustration, sélectionnez un objet dans la liste, puis ouvrez le gestionnaire d’illustrations (cf. Comment ouvrir le gestionnaire d’illustrations ?). Cliquez sur le bouton Note : Il est possible que l’image ajoutée n’apparaisse pas automatiquement dans la zone de visualisation. (cf. Pourquoi il n’y a rien qui s’affiche quand j’ajoute une illustration ?)

Comment supprimer une illustration ?

Sélectionnez un objet dans la liste, puis ouvrez le gestionnaire d’illustrations (cf. Comment ouvrir le gestionnaire d’illustrations ?). Sélectionnez l’image dans la liste, visualisez l’image pour vérifier et cliquez sur le bouton Note : Seul le lien d’appartenance entre l’image et l’objet sera supprimé, l’image ne sera pas physiquement supprimée du répertoire « images » de votre BDC.

Comment visualiser les illustrations ?

Il y a deux moyens :

1- A l’aide du gestionnaire d’illustrations :

Sélectionnez un objet dans la liste, puis ouvrez le gestionnaire d’illustrations (cf. Comment ouvrir le gestionnaire d’illustrations ?).
Sélectionnez une des illustrations dans la liste pour en visualiser une vignette dans la partie à droite. Double-Cliquez sur l’élément de la liste pour afficher l’illustration en taille réelle.

2- A l’aide de l’onglet « Illustrations » de la zone « Informations » :

Sélectionnez un objet dans la liste, puis cliquez sur l’onglet « Illustrations » dans la zone « Informations ».
Les illustrations s’affichent en vignette s’il y en a.
Double-Cliquez sur une des illustrations pour la visualisez en taille réelle.

Quels sont les formats d’images supportés ?

Les formats d’image pris en charge sont : le JPEG, le GIF et le PNG.
Nous vous conseillons d’utiliser le format PNG, qui en plus de fournir un excellent rapport qualité/taille est un format libre. Les images doivent être en mode RVB et non CMJN.

Pourquoi il n’y a rien qui s’affiche quand j’ajoute une illustration ?

Il est possible que l’image ajoutée n’apparaisse pas automatiquement dans l’onglet « Illustrations ».
Ceci est dû à un problème de raffraichissement de l’interface.
Pour vérifier la présence de l’illustration, cliquez sur un autre objet de la liste avant de revenir sur l’objet en question.

Comment régénérer l’ensemble des vignettes ?

Il est possible de régénérer l’ensemble des vignettes au cas ou vous auriez des problèmes (vignette corrompu, pas à jour…). Pour cela il vous suffit d’aller dans le menu « Outils » puis de cliquer sur « Mise à jour des vignettes ».

Comment fonctionne l’éditeur ?

Comment ouvrir l’éditeur ?

Pour ouvrir l’éditeur, cliquez sur le bouton

Comment ajouter une définition à un objet ?

Sélectionnez l’objet à définir dans la liste et ouvrez l’éditeur. (cf. Comment ouvrir l’éditeur ?). Saisissez la définition dans la zone de texte et cliquez sur le bouton Note : Peut-être un problème de raffraichissement ! (cf. Pourquoi il n’y a rien qui s’affiche quand j’ajoute une définition ?)

Comment modifier une définition ?

Sélectionnez l’objet dont la définition est à modifier et ouvrez l’éditeur. (cf. Comment ouvrir l’éditeur ?). Editez la définition et cliquez sur le bouton

Pourquoi il n’y a rien qui s’affiche quand j’ajoute une définition ?

Il est possible que la définition ajoutée n’apparaisse pas automatiquement dans l’onglet « Définition ».
Ceci est dû à un problème de raffraichissement de l’interface.
Pour vérifier la présence de la définition, cliquez sur un autre objet de la liste avant de revenir sur l’objet en question.

Pourquoi le chargement de ma BDC prend t-il du temps ?

Il se peut que votre BDC mette du temps à se charger. Cela est peut être du à la génération des vignettes des images distantes (images ajoutées via URL). Il vous est possible de désactiver la génération de ces vignettes au démarrage en modifiant directement le fichier « .preferencexper » qui se trouve dans le répertoire de l’utilisateur courant (C:\Documents and Settings\Utilisateur pour windows) : remplacer la ligne « thumbnailGeneration = true » par « thumbnailGeneration = false ».

Edition des Descripteurs

A quoi sert le module d’édition des descripteurs ?

Le module d’édition des descripteurs permet de définir et de saisir le système descriptif d’une BDC :
– Créer les descripteurs,
– Editer les états des descripteurs,
– Hiérarchiser les descripteurs avec des possibilités d’exclusion,
– Créer des groupes,
– Grouper les descripteurs selon ces groupes.

Comment se présente l’interface d’Edition des Descripteurs ?

Comment se déroule l’édition des Descripteurs ?

L’édition du système descriptif commence par la création et l’édition des descripteurs (cf. Comment créer un nouveau descripteur ?) et de ses états, se poursuit par la hiérarchisation (cf. Pourquoi hiérarchiser les descripteurs ?) et le groupement des descripteurs entre eux s’il y a lieu (cf. Pourquoi grouper les descripteurs ?).

Comment créer un nouveau descripteur ?

Dans la fenêtre « Descripteurs », faites un clic droit puis cliquez sur « Nouveau ». Saisissez le type de votre descripteur (numérique ou catégorique) puis son nom.

Si le descripteur est catégorique deux états « Etat 1 » et « Etat 2 » sont créés automatiquement par défaut, vous êtes invité à en modifier les noms. Par ailleurs vous pouvez ajouter d’autres états.
Si le descripteur est numérique aucun état ne pourra être ajouté, vous pouvez cependant définir l’unité de mesure.

Note : Un descripteur est unique. Il n’est pas possible d’avoir deux fois le même nom pour un descripteur.

Comment modifier le nom d’un descripteur ?

Sélectionnez le descripteur dans la fenêtre « Descripteurs », cliquez droit dessus et sélectionnez « Renommer ». Modifiez le nom et validez.

Comment supprimer un descripteur ?

Sélectionnez le descripteur dans la fenêtre « Descripteurs », cliquez droit et sélectionnez « Effacer ». Une fenêtre de confirmation vous permettra de valider ou non.

Note : La suppression d’un descripteur père vous laissera le choix entre supprimer seulement le descripteur père ou supprimer le descripteur père ainsi que ses descripteurs fils. Dans le cas où vous ne supprimez que le descripteur père, les descripteurs fils remonteront d’un niveau.

Comment créer un nouvel état ?

Sélectionnez le descripteur auquel vous désirez ajouter un état puis cliquez droit dans la fenêtre « Etats » et sélectionnez « Nouveau ». Saisissez le nom de l’état et validez.
Il n’est pas possible d’avoir deux états identiques. Les descripteurs numérique ne pourront pas se voir ajouter d’état.

Comment modifier le nom d’un état ?

Sélectionnez l’état de descripteur à modifier dans la fenêtre « Etats », cliquez droit et sélectionnez « Renommer ». Modifiez le nom de l’état et validez.

Comment supprimer un état ?

Sélectionnez l’état de caractère désiré dans la fenêtre « Etats », cliquez droit et sélectionnez « Effacer ».

Par définition, un descripteurs doit posséder au minimum deux états de caractère ! La limite maximal est de 63 états par descripteurs.

Pourquoi grouper les descripteurs ?

La notion de groupe permet de réunir des descripteurs dans une entité commune. Par exemple, en botanique il est possible de réunir les descripteurs couleur de l’écorce, aspect de l’écorce, diamètre du tronc dans un groupe « Tronc ».

Note : Un descripteur peut faire partie de plusieurs groupes.

Comment créer un nouveau groupe de descripteurs ?

Faites un clic droit dans la fenêtre « Groupes » et sélectionnez « Nouveau ». Saisissez le nom du groupe et validez.
Il n’est pas possible d’avoir deux fois le même nom de groupe.

Attention, Le clic droit dans la fenêtre « Groupes » est effectif si un descripteur est sélectionné.

Comment modifier le nom d’un groupe ?

Sélectionnez le groupe voulu, faites un clic droit et sélectionnez « Renommer ». Saisissez le nom du groupe et validez.

Comment supprimer un groupe ?

Sélectionnez le groupe voulu, faites un clic droit et sélectionnez « Supprimer ».

Comment ajouter un descripteur dans un groupe ?

Deux solutions sont possibles :

1- Sélectionnez le descripteur dans la fenêtre « Descripteurs », puis faites un clic droit et cliquez sur « Ajouter à un groupe ». Choisissez le groupe dans la liste déroulante et validez.
2- Sélectionner le descripteur, puis faites un clic droit sur un groupe dans la fenêtre « Groupes », sélectionnez « Ajouter le descripteur à ce groupe ».

Note : Les noms des groupe auxquels appartient le descripteur sélectionné s’affiche en vert.

Comment supprimer un descripteur d’un groupe ?

Deux solutions sont possibles :

1- Sélectionnez le descripteur dans la fenêtre « Descripteurs », puis faites un clic droit et cliquez sur « Supprimer d’un groupe ». Choisissez le groupe dans la liste déroulante et validez.
2- Sélectionner le descripteur, puis faites un clic droit sur un groupe dans la fenêtre « Groupes », sélectionnez « Supprimer le descripteur de ce groupe ».

Pourquoi hiérarchiser les descripteurs ?

La notion de hiérarchie souligne le fait que d’autres descripteurs sont applicables seulement si un descripteur « père » est décrit.

Note : Un descripteur peut possèder un père et un seul. Par contre un descripteur peut posséder plusieurs fils.
Remarque : un descripteur numérique ne peut pas avoir de descripteur fils.

Comment ajouter un descripteur fils à un autre descripteur ?

Il y a 2 possibilités :
1- Sélectionnez le futur descripteur « fils » dans la liste et tout en maintenant appuyé, glissez le sur « son descripteur père ».
Lorsque l’icone du descripteur père change de forme , vous pouvez lacher le bouton.
2- Cliquez droit sur le futur descripteur père et sélectionner « Nouveau ». Saisissez le nom du descripteur et valider. Le descripteur sera automatiquement ajouté aux fils.

Remarque : Lorsque vous sélectionnez le descripteur fils, vous pouvez apercevoir les états du descripteur père dans la fenêtre des états d’exception. Ces états d’exception sont les états du descripteur père qui vont interdire (s’ils sont cochés) l’édition du descripteur fils en question.
(cf. Comment éditer les états d’exception ?)

Comment ajouter un descripteur père à un descripteur ?

Ajouter un descripteur père à un descripteur revient à ajouter le descripteur comme fils. (cf. Comment ajouter un descripteur fils à un autre descripteur ?)

Note : Il est préférable de définir les descripteurs pères en premier lieu.

Comment supprimer un descripteur fils ?

Cela dépend si vous désirez :
– Supprimer un descripteur qui se trouve être le fils d’un autre descripteur : Sélectionnez le descripteur, cliquez droit et sélectionner « Supprimer ». (cf.)
– Modifier le lien de parenté du descripteur fils : Sélectionnez le descripteur et tout en maintenant appuyé glissez le vers la droite hors de la liste. Le descripteur revient à la racine de la liste des descripteurs. Lorsque l’icone change de forme

Comment supprimer un descripteur père ?

Cela dépend si vous désirez :

– Supprimer un descripteur qui se trouve être le père d’un autre descripteur : Sélectionnez le descripteur, cliquez droit et sélectionner « Supprimer ». (cf.)

– Modifier le lien de filiation du descripteur père pour qu’il ne soit plus père : Dans ce cas enlevez un à un tous ces descripteurs fils avant de le déplacer à son tour.

Comment éditer les états d’exception ?

Editer un état d’exception, c’est choisir les états du descripteur père qui vont interdire l’édition du descripteur fils (pour des raisons logiques en général). Pour cela sélectionnez le descripteur fils, et cochez les états qui se trouvent dans la fenêtre « Etats d’exception ».

Note : Les états d’exception affichés sont les états du descripteur père !

Est-ce possible de trier les descripteurs ?

Oui, vous avez quatre tris à votre disposition :
1- Le tri par groupe Note : Le tri par groupe est indicatif et ne vous permet pas d’éditer les descripteurs.

Edition des Items

A quoi sert le module d’édition des items ?

Le module d’édition des items permet de :
– Saisir les définitions et les illustrations des descripteurs
– Saisir les définitions et les illustrations des états de caractères,
– Ajouter et éditer des items,
– Saisir les remarques et les illustrations pour les items

Comment se présente l’interface du module d’édition ?

L’image ci-dessous représente la fenêtre principale du module d’édition des items :

Comment se déroule la saisie d’un item ?

La saisie d’un item se fait en trois étapes distinctes :
1- Création de l’item s’il n’existe pas (cf. Comment créer un nouvel item ?)
2- Edition de l’item : renseignements et illustrations sur cet item (cf. Comment ajouter une illustration ?)
3- Edition des états de caractère pour tous les descripteurs de la BDC (cf. Comment éditer les états d’un descripteur catégorique pour un item ?)

Comment créer un nouvel item ?

Pour ajouter un nouvel item, faites un clic droit dans la partie « Items » située à gauche puis cliquez sur « Nouveau ».
Vous serez invité à saisir le nom du nouvel item.

Note : Chaque item doit être unique, par conséquent il n’est pas possible d’avoir deux fois le même nom d’item.

Comment modifier le nom d’un item ?

Sélectionnez l’item désiré, faites un clic droit puis cliquer sur « Renommer ». Vous serez alors invité à saisir un nouveau nom.

Note : Il n’est pas possible d’avoir deux fois le même nom d’item.

Comment supprimer un item ?

Pour supprimer un item et sa description, faites un clic droit sur l’item désiré, puis cliquez sur « Effacer ».
Confirmez ensuite la suppression.

Est-ce possible de trier les items ?

Oui, c’est possible de trier les items par ordre alphabétique. Cliquez sur le bouton

Comment sélectionner plusieurs items ?

Il y a deux possibilités :
– Tout en maintenant appuyée la touche « Ctrl », sélectionnez un à un à la souris les items dans la liste.
– Tout en maintenant appuyée la touche « MAJ » (Shift), sélectionnez deux items dans la liste qui serviront de « bornes »

Est-ce possible de supprimer plusieurs items en même temps ?

Oui c’est possible. Pour cela, sélectionnez plusieurs items (cf. Comment sélectionner plusieurs items ?), cliquez droit et cliquez sur « Supprimer ».

Comment éditer les états d’un descripteur catégorique pour un item ?

Sélectionnez un item dans la liste, puis sélectionnez un descripteur catégorique dans la liste des descripteurs. Les états du descripteur apparaissent alors à droite.
Décochez les états qui ne s’appliquent pas au item sélectionné. Un descripteur peut prendre plusieurs états possibles (donc cochés).

Note : Editez d’abord les descripteurs père afin d’exclure directement les descripteurs fils non applicables.

Comment éditer les valeurs d’un descripteur numérique pour un item ?

Sélectionnez un item dans la liste, puis sélectionnez un descripteur numérique dans la liste des descripteurs. Des champs correspondants aux valeurs numérique du descripteur apparaissent alors à droite. Il suffit ensuite de remplir les différents champs et d’appuyer sur le bouton enregistrer (en haut à droite) afin de les sauvegarder.

Valeurs possible :
– Min : valeur minimum observé (valeur extrême)
– Max : valeur maximum observé (valeur extrême)
– UmethLower : valeur inférieur de la distribution normale
– UmethUpper : valeur supérieur de la distribution normale
– Mean : moyen
– SD : écart type
– Sample : taille de l’échantillon

Lors de l’identification l’intervalle utilisé sera en priorité [min, max] si il existe, puis [UmethLower , UmethUpper ], puis [Mean – 2SD, Mean + 2SD].

Dans le cas d’une valeur unique (ex : le nombre de pattes) il faut entrer la même valeur pour le min et le max.

Est-ce possible d’éditer simultanément les états de caractères de plusieurs items ?

Oui, c’est possible. Sélectionnez plusieurs items dans la liste (cf. Comment sélectionner plusieurs items ?) puis sélectionnez les descripteurs à éditer.
Cochez les états communs aux items que vous avez sélectionné. Cette manipulation facilite la saisie si des items sont proches et possèdent des états de caractères en commun.

Est-ce possible de comparer les états de caractères de plusieurs items ?

Oui, c’est possible. Pour cela sélectionnez les items désirés dans la liste (cf. Comment sélectionner plusieurs items ?). Puis sélectionnez les descripteurs à comparer.
Dans la zone « Etats » à droite s’affichent les états du descripteur sélectionné.
Les états écrits en noir, coché ou non, sont les états de caractères communs à tous les items.
Les états écrits en gris, coché ou non, sont les états de caractères possédés par seulement une partie des items.

Exemple :

Est-ce possible de trier les descripteurs ?

Oui, c’est possible de trier les descripteurs par ordre alphabétique. Cliquez sur le bouton

Quel est l’interêt de l’onglet « Remarques » à droite de « Etats » ?

L’onglet « Remarques » est utile pour ajouter une précision sur le couple Item-Descripteur.

Par exemple, pour un descripteur numérique il est important de garder la liste des spécimens formant l’échantillon.

Comment cocher tous les états d’un descripteur ?

Cliquez sur le bouton

Comment décocher tous les états d’un descripteur ?

Cliquez sur le bouton

Pourquoi je ne peux pas éditer les états d’un descripteur ?

A priori cela veut dire que le descripteur ne peut être saisi. Vous n’avez pas sélectionné le bon état (d’exception) du descripteur père qui vous autorise à saisir les états du descripteur fils. Pour résoudre le problème, revenez sur le descripteur parent et cochez un état différent, ou alors modifiez les états d’exceptions (mode édition des descripteurs).

Identification

A quoi sert le module d’identification ?

Le module d’identification permet d’identifier interactivement un item « inconnu ».
Interactivement car il est possible de :
– Répondre aux questions dans le désordre,
– Sélectionner plusieurs états à la fois,
– Revenir en arrière pour modifier ces choix
– Connaître à tout moment les items écartés et ceux restants.

Comment se présente l’interface du module d’identification ?

Comment procéder à une identification ?

L’identification proposée par Xper2 se fait pas à pas.

Un pas consiste à :
1- sélectionner un descripteur (utilisé ou non),
2- sélectionner un ou plusieurs états de caractère
3- valider en cliquant sur le bouton « Valider ».

A chaque pas :
– Les items sont triés et les listes des items sont mises à jour (éliminés ou restants) selon s’il possède ou non le ou les états séléctionnés.
– La liste des descripteurs possibles est mise à jour en fonction des choix faits (affichage des descripteurs fils si un état d’exception a été sélectionné)

A tout moment vous pouvez examiner les items restants ou éliminés en cliquant dessus. Dans la partie droite vous avez les illustrations des items et les commentaires disponibles.

Note : Lorsque plusieurs états sont sélectionnés, c’est l’opérateur OU inclusif qui est utilisé. Si vous ne savez pas ou si vous hésitez sur un descripteur, sélectionnez les états qui semblent convenir.

Note : Dans le cas d’un descripteur numérique, vous pourrez entrée la valeur observé dans le champs correspondant. Tous les items dont l’intervalle [min-max] ne contient pas la valeur saisie seront éliminés. Si la description du taxon est incomplète pour ce descripteur on prendra en priorité les valeurs [Min; Max] puis [UmethLower; UmethUpper] puis [mean-2SD; mean+2SD] pour former l’intervalle.

A quoi sert l’option « Meilleur descripteur » ?

L’option « Meilleur descripteur » situé en haut dans la partie « Descripteurs » permet de trier les descripteurs par leur pouvoir discriminant. Pour activer ce tri choisissez un élement de la liste. Les descripteurs situés en haut de la liste sont les descripteurs qui discriminent le plus de items, mais ils ne sont pas pour autant les plus simples à renseigner !

Il y a trois tris possibles :
– Le tri original d’XPER
– Le tri de Sokal & Michener
– Le tri de Jaccard

Ces mesures sont des évaluations quantitatives de la capacité qu’a un descripteur à distinguer les taxons entre eux. Voici les formules et les références correspondant à ces mesures. Les trois pouvoirs discriminants résultent de la somme, pour tous les couples de taxons, d’une mesure de dissimilarité entre taxons pour le descripteur dont on évalue le pouvoir discriminant.

Dans le cas du pouvoir discriminant Xper, la dissimilarité entre deux taxons pour un descripteur est soit de 0 soit de 1 selon la présence ou non d’états du descripteur en commun. Dans les cas du pouvoir discriminant basé sur l’indice de dissimilarité Jaccard ou basé sur l’indice de Sokal et Michener, la dissimilarité entre deux taxons pour un descripteur est comprise entre 0 et 1 et dépend du nombre d’états du descripteur en commun.

On notera :
n11 les états de caractères présents c’est-à-dire possibles pour les deux taxons
n10 les états de caractères possibles pour seulement le premier taxon
n01 les états de caractères possibles pour seulement le second taxon
n00 les états de caractères impossibles pour les deux taxons

– la dissimilarité selon Xper [Lebbe, 1991] est basée sur l’incompatibilité entre descriptions. Deux taxons i j sont incompatibles (ou dissimilaires ou discriminés) pour un descripteur s’ils n’ont aucun état de caractère possible en commun cad si n11 = 0.
dXper(i,j) = 1 si n11 = 0 sinon dXper(i,j) = 0
ce qui peut s’écrire également dXper(i,j) = max(0, -n11+1)

– la dissimilarité de Jaccard [Jaccard, 1901] ne prend en compte que les états de caractères au moins possédés par un des deux taxons i et j que l’on compare.
dJaccard(i,j) = (n01 + n10) / (n01 + n10 + n11)
La similarité étant (1 – la dissimilarité), deux taxons i et j sont d’autant plus similaires selon Jaccard que leurs états du caractère possibles en commun augmentent.
SJaccard(i,j) = n11 / (n01 + n10 + n11)

– en se basant sur l’indice de Sokal et Michener [Sokal et Michener, 1958] la dissimilarité entre deux taxons i et j pour un descripteur est mesuré en tenant compte de tous les états existants pour le descripteur et non seulement ceux possibles pour au moins un des deux taxons.
dSM(i,j) = (n01 + n10) / (n00 + n01 + n10 + n11)
La similarité étant (1 – la dissimilarité), deux taxons i et j sont d’autant plus similaires selon Sokal et Michener qu’ils partagent des états présents et absents en commun.
SSM(i,j) = (n00 + n11) / (n00 + n01 + n10 + n11)

Note : Si, par la suite, vous triez les descripteurs par ordre alphabétique, cela annule le tri par pouvoir discriminant.

Est-ce possible de trier les descripteurs ?

Oui c’est possible. Il y a le tri alphabétique classique qui s’opére en cliquant sur le bouton A quoi sert l’option « Meilleur descripteur » ?)

Comment filtrer les descripteurs par groupe ?

Le filtrage par groupe permet de se concentrer seulement sur un groupe et permet ainsi d’alléger la liste des descripteurs à renseigner. Ce filtre peut s’avérer utile si par exemple vous ne possédez qu’une partie de la plante à déterminer.
Pour filtrer les descripteurs par groupe, sélectionnez le groupe dans la liste. Les descripteurs n’appartenant pas au(x) groupe(s) sélectionné(s) seront supprimés de la liste.

Trucs et Astuces

Enregistrez votre base

Sauvegardez la base dans un répertoire dédié à cette seule base, car une base se constitue de plusieurs fichiers et d’un répertoire ‘images/’ qui seront enregistrés à l’endroit sélectionné.

Utilisez un nom de fichier sans caractères spéciaux (espaces, accents,…) et pour des raisons de compatibilité avec le format XPER préférez un nom de fichier avec 8 caractères maximum (En mode DOS, les noms des fichiers sont tronqués après 8 caractères, le fameux ~1 à la fin des fichiers).

Conservez toujours une sauvegarde

Parce que personne n’est à l’abri d’un problème matériel et parce que le programme Xper² n’est pas parfait, il vous est conseillé de sauvegarder régulièrement les denières versions de vos bases et de les conservez.

Copie d’un item

Pour une édition plus rapide, si plusieurs taxons sont proches (ne se distinguent que par quelques différences) vous pouvez ‘Faire une copie’ d’un taxon et apporter ensuite les modifications.

Note une sélection de plusieurs états correspond à un OU logique (polymorphisme)

Standardisez les descripteurs et les états !

Cette étape est primordiale et indispensable avant de se lancer dans la construction d’une BDC ! Il faut réfléchir aux données et aux entités en rapport avec le sujet d’étude. Cela va déterminer la structuration de la BDC : les groupes, les descripteurs et SURTOUT les états !

Il est d’autant plus difficile et fastidieux de rééditer les taxons après avoir ajouter et/ou modifier des descripteurs.

Vérifiez votre base !

La vérification de la base permet de savoir si elle est correcte ou non : si tous les taxons sont saisis, si les taxons se discriminent entre eux et si tous les états et les descripteurs sont utilisés.

Descriptions non saisies : ce sont les descriptions qui n’ont pas été renseignées.

Descriptions saisies par erreur : ce sont les descriptions qui ne sont pas possible en raison d’une relation de dépendance entre descripteur père et descripteur fils. Cela peut arriver si vous modifiez des relations entre descripteurs après avoir éditer des taxons.

Note Cette étape est indispensable pour le bon fonctionnement des anciens utilitaires XPER (mindescr, makey, distinxp,…)

Utilisez la vérification de la base pour une édition plus rapide !

Un clic sur une ligne permet de sélectionner directement les valeurs dans l’interface d’édition.

Utilisez des balises HTML pour les définitions des objets

Cela permet de mettre en forme le texte : en gras, italique, souligné, lien html,…
Ceci est très utile pour la publication sur le web.

Ajoutez un commentaire pour le couple (taxon, descripteur)

Pour préciser la valeur observée

(ex: pour un descripteur numérique, préciser les références des spécimens de l’échantillon)

Pour ajouter des renseignements complémentaires
(ex: préciser l’incertitude sur la description, une source quelconque,…)

Optimisez les fichiers image

La taille des fichiers image a une importance capitale quant aux performances !
Il est conseillé d’importer des images n’excédant pas 500ko (300ko étant une bonne moyenne).
La meilleure solution est de redimensionner les images et/ou de changer le format (une résolution maximale de 1024×768 est suffisante et offre un bon compromis qualité/performance).
Il vous est également possible de stocker vos images en ligne (Picasa, Flickr…) et d’ajouter dans Xper2 uniquement l’URL vers l’image en question.

Faites attention aux noms des fichiers

Pour des raisons de compatibilité et pour la mise en ligne sur le web, évitez de donner des noms de fichiers avec des caractères spéciaux (accents, signes : $, @, etc) et des espaces.

Organisez le répertoire ‘images/’ de la base

Vous pouvez créer des sous-répertoire dans le répertoire ‘images/’ de la base pour y stocker vos illustrations. Ceci permet de trier et d’organiser les fichiers d’images correspondants par exemple aux groupes, aux descripteurs, etc…

Note C’est seulement après cette étape qu’il faut lier les illustrations aux objets de la base, et non l’inverse.

Faites attention aux Copyrights !

Si vous utilisez des images qui ne sont pas de vous, faites attention car ces images sont régies par des droits d’auteurs. Vous devez demander l’autorisation auprès des auteurs avant de vous en servir et qui plus est, si c’est pour les mettre en ligne! Il existe des sites web offrant des images libre de droits.

Les droits d’auteurs sur une base ?

C’est vous qui régissez vos droits d’auteurs, les BDC que vous créez sont votre proprieté par conséquent c’est vous qui choisissez les droits sur vos créations. Le principe d’une BDC est de rassembler des connaisances, pour les partager !

Ajoutez un commentaire, un copyright sur une image

Ajouter un copyright sur l’image à l’aide d’un logiciel tiers permet de laisser une indication sur l’image, très utile pour les BDC en ligne : un copyright, le nom de l’auteur, une légende, …

Sous Windows : CopyRightLeft se veut très simple d’utilisation pour faire cette tâche !

En cas d’erreur, vérifiez le format xml ?

Le format xml possède un numéro de version « xpd ». La version actuelle d’Xper², 2.1, travaille avec la version 1.0. Xper² est capable de lire toutes les anciennes versions xpd. (= compatibilité descendante)

Le fichier xpd est un fichier xml, éditable avec n’importe quel édtiteur de texte.
La structure est la suivante :

<xper targetNamespace="http://lis.snv.jussieu.fr/xper/XML xper.xsd" 
	xml="http://www.w3.org/XML/1998/namespace" xpdversion="0.95" 
     xper="http://lis.snv.jussieu.fr/xper/XML/Schema">
<informations>
<firstedition date=""/>
<lastedition date=""/>
<authors/>
</informations>
<base lang="">
<name></name>
<statistics nbind="" nbmod="" nbvar=""/>
<description/>
<variables>
<variable homology="" id="" nbmodes="">
<name></name>
<description/>
<images/>
<modes>
<mode id="">
<name/>
<description/>
<images>
<image url=""/>
</images>
</mode>
</modes>
</variable>
</variables>
<individuals>
<individual id="">
<name></name>
<description></description>
<images>
<image url=""/>
</images>
<description_list>
<desc_element unknown="" var_ref="">
<comment/>
</desc_element>
</description_list>
</individuals>
<groups>
<group id="">
<name/>
<description/>
<groupvar>1/2/</groupvar>
</group>
</groups>
</base>
</xper>

Le fichier xpr est un fichier texte, également éditable avec un éditeur de texte.
Il représente les relations (codées en binaire) entre descripteurs.

Chaque bloc de 3 lignes représente un descripteur :
la première ligne indique l’index du descripteur père (0 = pas de père)
la seconde ligne indique le ou les états d’exception (somme en binaire)
la troisième ligne indique l’index du descripteur fils

Le fichier xpx est un fichier texte, également éditable avec un éditeur de texte.
Il représente les relations (codées en binaire) entre taxons et états de descripteurs.

n lignes représentent les n descriptions (n étant le nombre total de descripteurs) pour un taxon

nombre total de lignes du fichier xpx = nb_descripteurs x nb_taxons
ex : la première ligne compte pour le premier taxon et le premier descripteur, la valeur lue est la somme binaire des états correspondant à ce couple.

Le fichier xpw est un fichier texte. Il contient les poids de chaque descripteur.

N’oubliez pas les restrictions du format XPER

Lors de l’export vers le format XPER, vous aurez une perte d’informations car le format Xper² est plus riche. Ce dernier ajoute notamment la gestion de :
définitions,
illustrations
commentaires sur le couple taxon, descripteur
états inconnus
descripteurs numérique

Par ailleurs le format XPER exige :
14 états maximum pour un descripteur.
les chaines de caractères ne peuvent excéder 60 caractêres en raison des restrictions DOS (le fameux ~1 à la fin des fichiers)

Comment mettre une base en ligne ?

Il est possible de mettre en ligne votre BDC sur le serveur du LIS, via notre intermédiaire. Déposez votre BDC ICI.
Sinon, il est possible de créer une applet indépendante que vous mettez en ligne sur n’importe quel serveur web (voir FAQ d’installation).

Lexique

BDC :

Base De Connaissances

FAQ :

Frequently Asked Questions ou Foire Aux Questions

GIF :

Graphic Interchange Format

IAO :

Identification Assistée par Ordinateur

JPEG :

Joint Photographic Expert Group

PNG :

Portable Network Graphics

CSV :

Comma Separated Values (http://fr.wikipedia.org/wiki/Comma-separated_values)

SDD :

Structure Descriptive Data (http://wiki.tdwg.org/SDD)

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